Cùng với sự hình thành và phát triển của hệ thống Bảo hiểm xã hội Việt Nam, Bảo hiểm xã hội tỉnh Đắk Nông được thành lập theo Quyết định số 23/QĐ-BHXH-TCCB ngày 07/01/2004 của Tổng Giám đốc Bảo hiểm xã hội Việt Nam và chính thức đi vào hoạt động kể từ tháng 01 năm 2004 trên cơ sở tách các bộ phận nghiệp vụ, các đơn vị trực thuộc từ Bảo hiểm xã hội tỉnh Đắk Lắk.

Cơ cấu tổ chức bộ máy khi thành lập của Bảo hiểm xã hội tỉnh Đắk Nông có 05 phòng chuyên môn gồm: Phòng Tổ chức - Hành chính, Phòng Thu, Phòng Chế độ chính sách, Phòng Giám định chi, Phòng Kế hoạch - Tài chính và 6 đơn vị Bảo hiểm xã hội cấp huyện trực thuộc gồm: Bảo hiểm xã hội huyện Đắk Nông, Bảo hiểm xã hội huyện Đắk R’lấp, Bảo hiểm xã hội huyện Đắk Mil, Bảo hiểm xã hội huyện Cư Jút, Bảo hiểm xã hội huyện Đắk Song, Bảo hiểm xã hội huyện Krông Nô. Đội ngũ công chức, viên chức và người lao động toàn Ngành lúc đầu là 53 người, trong đó tại Văn phòng tỉnh là 27 người.

Để đảm bảo quyền lợi và chế độ cho người lao động khi tham gia bảo hiểm xã hội, bảo hiểm y tế khi một số đơn vị sử dụng lao động cố tình trốn đóng bảo hiểm xã hội hoặc nợ dây dưa, kéo dài. Trước tình hình đó, năm 2006 thành lập Phòng Kiểm tra để thực hiện chức năng, nhiệm vụ trong công tác kiểm tra các đơn vị sử dụng lao động về việc chấp hành pháp luật bảo hiểm xã hội, bảo hiểm y tế.

Cùng với yêu cầu thực hiện nhiệm vụ ngày càng cao, để giảm tải trong quá trình giải quyết công việc và đưa ứng dụng công nghệ thông tin vào nhiệm vụ công tác, năm 2008 Phòng Công nghệ thông tin được thành lập. Tiếp đó vào năm 2009 Bảo hiểm xã hội tỉnh thành lập thêm Phòng Cấp sổ, thẻ, Phòng Tiếp nhận - Quản lý hồ sơ cho phù hợp với nhiệm vụ của cơ quan và đổi tên một số phòng nghiệp vụ theo quy định của Bảo hiểm xã hội Việt Nam.

Ngày 28/01/2015, Bảo hiểm xã hội Việt Nam đã ban hành Quyết định số 99/QĐ-BHXH quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bảo hiểm xã hội địa phương; theo đó cơ cấu tổ chức của Bảo hiểm xã hội tỉnh gồm 11 đơn vị thay vì 09 đơn vị như trước đó, bao gồm: Phòng Chế độ bảo hiểm xã hội; Phòng Giám định bảo hiểm y tế; Phòng Quản lý thu; Phòng Khai thác và thu nợ; Phòng Cấp sổ, thẻ; Phòng Tổ chức cán bộ; Phòng Kế hoạch - Tài chính; Phòng Kiểm tra; Phòng Công nghệ thông tin; Phòng Tiếp nhận và Trả kết quả thủ tục hành chính; Văn phòng và 08 Bảo hiểm xã hội huyện, thị xã.

Căn cứ Quyết định số 856/QĐ-TTg ngày 10/7/2019 của Thủ tướng Chính phủ phê duyệt Đề án “Đổi mới, sắp xếp tổ chức bộ máy của Bảo hiểm xã hội Việt Nam theo hướng tinh gọn, hoạt động hiệu lực, hiệu quả”, ngày 29/7/2019, Bảo hiểm xã hội Việt Nam ban hành Quyết định số 969/QĐ-BHXH quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bảo hiểm xã hội địa phương. Theo đó, Bảo hiểm xã hội tỉnh Đắk Nông có chức năng giúp Tổng Giám đốc Bảo hiểm xã hội Việt Nam tổ chức thực hiện các chế độ, chính sách  bảo hiểm xã hội, bảo hiểm y tế; tổ chức thu, chi chế độ bảo hiểm thất nghiệp;  quản lý và sử dụng các quỹ: bảo hiểm xã hội, bảo hiểm thất nghiệp, bảo hiểm y tế; thanh tra chuyên ngành đóng bảo hiểm xã hội, bảo hiểm thất nghiệp, bảo hiểm y tế trên địa bàn tỉnh theo quy định của pháp luật và quy định của Bảo hiểm xã hội Việt Nam. Tổ chức bộ máy của Bảo hiểm xã hội tỉnh Đắk Nông đã hoàn thiện theo yêu cầu nhiệm vụ của tình hình mới, với 10 phòng nghiệp vụ có chức năng tham mưu giúp Giám đốc Bảo hiểm xã hội tỉnh điều hành chỉ đạo thực hiện các nhiệm vụ chuyên môn gồm Văn phòng, Phòng Tổ chức cán bộ, Phòng Kế hoạch - Tài chính, Phòng Thanh tra - Kiểm tra, Phòng Chế độ bảo hiểm xã hội, Phòng Giám định bảo hiểm y tế, Phòng Cấp sổ, thẻ, Phòng Quản lý thu, Phòng Truyền thông và phát triển đối tượng, Phòng Công nghệ thông tin; cùng với 07 Bảo hiểm xã hội cấp huyện trực thuộc có chức năng giúp Giám đốc Bảo hiểm xã hội tỉnh tổ chức thực hiện chế độ, chính sách bảo hiểm xã hội, bảo hiểm y tế, bảo hiểm thất nghiệp; quản lý thu, chi bảo hiểm xã hội, bảo hiểm y tế, bảo hiểm thất nghiệp trên địa bàn huyện theo phân cấp quản lý của Bảo hiểm xã hội Việt Nam và quy định của Pháp luật.

Đội ngũ công chức, viên chức và người lao động toàn ngành Bảo hiểm xã hội tỉnh Đắk Nông đến nay là 180 người, trong đó: công chức là 03 người, viên chức quản lý là 39 người, viên chức làm chuyên môn nghiệp vụ là 90 người, lao động hợp đồng làm chuyên môn nghiệp vụ là 24 người và lao động hợp đồng theo Nghị định số 68/2000/NĐ-CP của Chính phủ là 24 người; công chức, viên chức và người lao động là nữ là 99 người; viên chức là đồng bào dân tộc thiểu số là 04 người. Công chức, viên chức và người lao động có trình độ đại học trở lên là 154 người và có trình độ cao đẳng, trung cấp là 02 người.